Penguasaan kemahiran membaca merupakan isu kritikal dalam kalangan murid bermasalah pembelajaran. Kekurangan pendekatan berstruktur sering menjejaskan pemprosesan maklumat literasi mereka. Sehubungan itu, kajian ini bertujuan menilai keberkesanan Modul Literasi Fonik Khas terhadap kemahiran membaca murid tersebut. Kajian ini dijalankan di sebuah sekolah rendah yang menawarkan Program Pendidikan Khas Integrasi di Kota Kinabalu, Sabah. Kajian ini menggunakan reka bentuk campuran yang melibatkan tiga orang guru dan tiga orang murid sebagai peserta kajian. Data dikumpulkan melalui pendekatan kuantitatif menggunakan reka bentuk kajian subjek tunggal dan pendekatan kualitatif melalui temu bual separa berstruktur. Dapatan kajian membuktikan bahawa Modul Literasi Fonik Khas berkesan meningkatkan kemahiran membaca murid. Analisis visual menunjukkan peningkatan trend yang positif dalam penguasaan unit bacaan dari fasa garis dasar ke fasa intervensi. Dapatan temu bual turut mengesahkan peningkatan penguasaan bunyi huruf vokal, penggabungan suku kata dan pembacaan perkataan mudah. Selain itu, strategi membaca murid didapati berubah daripada kaedah hafalan kepada penyahkodan fonik. Kesimpulannya, modul ini berkesan sebagai intervensi sistematik untuk membina asas literasi murid bermasalah pembelajaran.